Opracowanie miniaturowej mikromacierzy DNA do identyfikacji 66 genów wirulencji Legionella pneumophila
Journal Title: Advances in Hygiene and Experimental Medicine - Year 2011, Vol 65, Issue 0
Abstract
Wprowadzenie: Przez ostatnie pięć lat coraz więcej uwagi w Polsce zaczęto poświęcać problemowi infekcji wywoływanych przez bakterie Legionella sp. Ma to związek m.in. z pojawieniem się nowych regulacji prawnych, dotyczących jakości wody przeznaczonej do spożycia przez ludzi. Było to inspiracją do opracowania testu umożliwiającego oznaczenie wielu genów wirulencji Legionella pneumophila w celu lepszego zrozumienia ich dystrybucji w szczepach środowiskowych i klinicznych. Metoda może być nieocenioną pomocą w skuteczniejszym przewidywaniu ryzyka wywołania choroby przez dany szczep i stanowić nowe narzędzie podczas dochodzeń epidemiologicznych. Materiał/Metody: Mikromacierz bazuje na systemie Array Tubes, zawiera trzy kontrole pozytywne i jedną negatywną. Geny docelowe kodują elementy strukturalne T4SS, białka efektorowe oraz geny wirulencji niezwiązane z systemem sekrecji. Sondy zaprojektowano używając programu OlogoWiz, mikromacierz analizowano z użyciem programu IconoClust. W celu izolacji szczepów klinicznych i środowiskowych zgromadzono próbki BAL i pobrano próbki wody z różnych, niezależnych instalacji ciepłej wody w budynkach użyteczności publicznej. Wyniki: Zaprojektowano i wyprodukowano mikromacierz do identyfikacji 66 genów L. pneumophila biorących udział w patogenezie. Czułość mikromacierzy pozwala na analizę DNA wyizolowanego z pojedynczej kolonii L. pneumophila. Analizowano 7 szczepów środowiskowych, z których dwa różniły się wzorem hybrydyzacji od szczepu referencyjnego. Dyskusja: Prezentowana metoda nie jest czasochłonna i kosztowna. Analiza szczepów środowiskowych wykazała możliwe różnice w obecności genów kodujących białka efektorowe. Dalsze analizy mogą pozwolić na identyfikację genów zwiększających ryzyko wywołania choroby oraz na ocenę zjadliwości szczepów.
Authors and Affiliations
Mariusz Żak, Piotr Zaborowski, Milena Baczewska-Rej, Aleksandra Zasada, Renata Matuszewska, Bożena Krogulska
Keywords
Related Articles
- EP ID EP66589
- DOI -
- Views 168
- Downloads 0
Choroby limfoproliferacyjne związane z zakażeniem wirusem Epsteina-Barr
Tlenek węgla w fizjologii organizmu człowieka – rola w układzie pokarmowym
Tlenek węgla (CO) powstaje endogennie w organizmie jako produkt reakcji katalizowanej przez enzym oksygenazę hemową (HO). Z dwóch funkcjonalnych izoform HO-1 jest wysoce indukowalna i ulega ekspresji w wielu tkankach pod...
Rola białek szlaku niedokrwistości Fanconiego w naprawie DNA i utrzymaniu stabilności genomu
The Fanconi anemia (FA) pathway is one of the DNA repair systems involved in removal of DNA crosslinks. Proteins which belong to this pathway are crucial to the protection of genetic information, whereas disturbances in...
Znaczenie badań farmakogenetycznych w efektywności leczenia metotreksatem chorych na reumatoidalne zapalenie stawów (część 2)
Obecnie dużą nadzieję wiąże się z indywidualizacją leczenia chorych na reumatoidalne zapalenie stawów (RZS). Trwają poszukiwania markerów biochemicznych i klinicznych, dzięki którym można by przewidzieć dobrą odpowiedź...
Rola mimikry molekularnej w etiologii schorzeń o charakterze autoimmunizacyjnym
Aktualnie wyróżnia się ponad 80 różnych chorób autoimmunizacyjnych, na które cierpi około 100 mln osób na całym świecie. Większość chorób o podłożu autoimmunologicznym należy do grupy schorzeń o nieznanej etiologii. Sch...