Vankomisin dirençli enterokok suşlarının rep-PCR yöntemi ile klonal analizlerinin değerlendirilmesi (Evaluation of clonal analysis of vancomycin-resistant enterocci strains by rep-PCR method)
Journal Title: Turk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi - Year 2016, Vol 73, Issue 1
Abstract
Amaç: Vankomisin dirençli enterokoklar (VRE), hızlı yayılımları, artan mortaliteri oranları, sınırlı tedavi seçenekleri ve vankomisin direncini daha virulan patojenlere transfer etme olasılıkları nedeniyle önemli nozokomiyal patojenler haline gelmişlerdir. VRE enfeksiyonlarını engellemek için hastanelerde aktif sürveyans yapılmalıdır. Moleküler tiplendirme, sürveyans boyunca bulaş yollarının gösterilmesi için en uygun yöntemdir. Ancak, uygulaması kolay ve tekrarlanabilirliği yüksek tiplendirme metodlarının eksikliği yaşanmaktadır. Hastane salgınlarının belirlenmesi ve kontrol önlemlerinin alınmasında, kullanım kolaylığı ve hızlı sonuç vermesi ile rep-PCR, hızlı bir tarama metodu sunmaktadır. Bu çalışmada, hastanemizde izole edilen VRE suşlarının rep-PCR (tekrarlanan palindromlara dayalı polimeraz zincir reaksiyonu) yöntemi ile klonal analizlerinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Yöntem: Dördü klinik örneklerden, 18’i hasta rektal sürüntü örneklerinden, 26’sı çevre kültürlerinden elde edilen toplam 48 VRE suşu alınmıştır. İzolatların tanımlama ve antibiyotik duyarlılık testleri Vitek 2 otomatize sistemi (bioMérieux, Fransa) ile değerlendirilmiştir. Klonal analizleri rep-PCR yöntemi kullanılarak yapılmıştır. Bulgular: Çalışılan 48 VRE suşunun tümü Enterococcus faecium olarak tanımlanmıştır. rep-PCR yöntemiyle belirlenen dört klon A, B, C, D grupları olarak isimlendirilmiş ve sırasıyla bu gruplarda 35, 3, 2, 2 suş olduğu tespit edilmiş ve altı izolatın ise hiçbir klonla benzeşmediği görülmüştür. Sonuç: Hastanemizde ilk VRE suşunun izole edildiği 2004 yılından beri hastane enfeksiyonlarını engellemek için riskli kliniklerde sürveyans yapılmaktadır. Ancak daha etkin enfeksiyon kontrolü için bulaş kaynaklarının ve geçiş yollarının kısa sürede gösterilmesi önemlidir. Bu çalışmada, rep- PCR yöntemi ile VRE suşlarının klonal yayılımı gösterilmiştir. Sonuç olarak rep-PCR yönteminin epidemiyolojik çalışmalarda kullanılabilecek ve enfeksiyon kontrol önlemlerine yardımcı olabilecek, hızlı, uygulaması ve değerlendirmesi kolay bir yöntem olduğu düşünülmüştür. Objective: Vancomycin resistant enterococci (VRE) has become an important nosocomial pathogens because of its rapid spread, accelerating mortality rates, limited options for therapy, and the possible transfer of vancomycin resistance to more-virulent pathogens. Active surveillance should be done to prevent VRE infections in hospitals. Molecular typing is most convenient method to show route of transmission during a surveillance. However, easyto- perform, and reproducible typing methods are lacking. In detecting the hospital outbreaks and in taking the control measures, the rep-PCR presents a rapid screening method with its ease of use and rapid turnaround time. In this study, it was aimed to assess the clonal analysis of VRE strains isolated in our hospital with rep-PCR method (repetetive sequence based polymerase chain reaction). Method: A total of 48 VRE strains obtained from four clinical specimens, 18 rectal swab samples and 26 environmental cultures. Identification and antibiotic susceptibility tests of isolates was evaluated by automated Vitek-2 system (bioMérieux, France). Clonal analysis was performed by using rep-PCR (DiversiLab, France) method. Results: All the studied 48 strains were identified as E. faecium. The four clones which were determined by rep-PCR analysis, were named as A, B, C, D and in these groups sequentially the presence of 35, 3, 2, 2 strains were determined and no clonic similarity were observed in the six isolates. Conclusion: The surveillance of VRE in risky clinics has been performed to prevent hospital infection since the first isolation of VRE in our hospital in 2004. However, it is important to show sources of contamination and route of transmission in a short time for more effective infection control. In this study, the clonal spreading of VRE strains with rep-PCR method was demonstrated. As a result the rep-PCR method was considered as a rapid, easyly applied and evaluated method that can be used in epidemiological studies and can help infection control measures.
Authors and Affiliations
Seyit Ahmet BAYIK, İpek MUMCUOĞLU, Şenol KURŞUN, Neriman AKSU
Keywords
Related Articles
- EP ID EP489869
- DOI 10.5505/TurkHijyen.2016.94809
- Views 115
- Downloads 0
2013 yılında Muğla ili Marmaris ilçesinde görülen Staphylococcus aureus enterotoksin kaynaklı gıda zehirlenmesinin değerlendirilmesi (Evaluation of food poisoning of Staphylococcus aureus enterotoxin source in 2013 in the Marmaris district of Muğla, Turkey)
Amaç: Aynı yemek firması tarafından verilen öğle yemeği ve akşam yemeği sonrası iki okuldaki öğrenciler ile 17 işyerindeki işçilerden oluşan toplam 116 kişi; bulantı, kusma, karın ağrısı ve ishal şikâyetleri ile 23 Aralı...
Antibiotic resistance and metallo-beta-lactamase positivity in carbapenem-resistant non-fermentative Gram negative bacilli (Karbapenemlere dirençli non-fermenter Gram negatif basillerde antibiyotik direnci ve metallo-beta-laktamaz pozitifliği)
Objective: Antibiotic resistance in Gram negative bacteria is an increasing problem worldwide and a challenging issue for the physicians in both nosocomial and community-acquired infections. Infections caused by metallo-...
Fascioliasis tanısında hekimlerde ERCP yerine serolojik test farkındalığı yaratmak: Olgu sunumu (To create awareness of serological tests instead of ERCP for fascioliasis diagnosis among physicians: A case report)
ÖZET Fascioliasis, insanda nadir rastlanan karaciğer ve safra yolu hastalığıdır. Fasciola hepatica metaserkarya içeren su bitkilerinin yenmesi veya kontamine suların içilmesi ile bulaşmaktadır. Fascioliasis tanısında, dı...
Comparison of conventional and rapid methods for determination of total aerobic mesophilic microorganisms and Enterobacteriaceae in poultry products (Kanatlı eti ürünlerinde toplam aerobik mezofilik mikroorganizma ve Enterobacteriaceae belirlenmesinde klasik ve hızlı yöntemlerin karşılaştırması)
Objective: In this study, it was aimed to compare the conventional and rapid test methods in determining the numbers of both total aerobic mesophilic microorganizm and Enterobacteriaceae in totally 123 poultry products w...
Türkiye’de yetişen Equisetum arvense, Plantago lanceolota ve Olea europaea yaprağından elde edilen ticari ekstraktların in-vitro antibakteriyel aktivitelerinin araştırılması (Investigation of in-vitro antibacterial activities of commercial extracts prepared from Equisetum arvense, Plantago lanceolota and Olea europaea leaf grown in Turkey)
Amaç: Bitkiler yüzyıllardır enfeksiyon hastalıklarının tedavisi dahil olmak üzere birçok hastalığın tedavisinde kullanılmaktadır. Son yıllarda patojen mikroorganizmalara karşı kullanılan antibakteriyel maddelere direnc...